大多數有機肥料產品只堆肥發酵15-20天，這樣的產品只能達到無害化標準。而優質的有機肥料堆肥發酵過程一般需要45-60天的時間。這是因為在堆肥前期的升溫階段以及高溫階段會殺死植物致病病原菌、蟲卵、雜草籽等有害微生物，但此過程中微生物的主要作用是新陳代謝、繁殖，而只產生很少量的代謝產物，并且這些代謝產物不穩定也不易被植物吸收。 　　到后期的降溫期，微生物才會進行有機物的腐殖質化，并在此過程中產生大量有益于植物生長吸收的代謝產物，這個過程需要45-60天。經此過程的堆肥可以達到三個目的，一是無害化；二是腐殖質化；三是大量微生物代謝產物如各種抗生素、蛋白類物質等。
一、堆肥的分類
　　作物莖稈、綠肥、雜草等植物性物質與泥土、人糞尿、垃圾等混合堆置，經好氣微生物分解而成的肥料。多作基肥，施用量大，可提供營養元素和改良土壤性狀，尤其對改良砂土、粘土和鹽漬土有較好效果。
　　堆制方法，按原料的不同，分高溫堆肥和普通堆肥。高溫堆肥以纖維含量較高的植物物質為主要原料，在通氣條件下堆制發酵，產生大量熱量，堆內溫度高（50-60℃），因而腐熟快，堆制快，養分含量高。
　　高溫發酵過程中能殺死其中的病菌、蟲卵和雜草種子。普通堆肥一般摻入較多泥土，發酵溫度低，腐熟過程慢，堆制時間長。堆制中使養分化學組成改變，碳氮比值降低，能被植物直接吸收的礦質營養成分增多，并形成腐殖質。 　　1、高溫堆肥法，在背風向陽近水源處，按照秸稈、糞尿、動植物殘體、污泥等的比例，加入一些含高溫分解細菌的糞（如騾馬糞或其浸出液）或已發酵過的堆肥進行堆積。堆肥內的溫度調控在60℃左右，時間持續半個月左右，這樣能充分殺死堆肥中的病原菌、寄生蟲卵及雜草種子等，蛔蟲卵死亡率95%-100%，糞堆周圍沒有活的蛆、蛹或新羽化的成蠅。
　　2、普遍堆肥法，在厭氣條件下進行堆制，一般采用半坑式堆肥，既挖一個長方形坑，將秸稈、糞尿、動植物氮素源和土等有機肥進行層層堆積，堆成饅頭形，壓緊封嚴，1個月后翻倒，將分解差的放在底部，仍用土封嚴。夏秋1-2個月，冬季3-4個月即可腐熟。這種堆肥放法造肥方便，但需時間較長，腐熟程度不均。
二、堆肥腐熟良好的條件 　　1、水分。保持適當的含水量，是促進微生物活動和堆肥發酵的首要條件。一般以堆肥材料量最大持水量的60%-75%為宜。
　　2、通氣。保持堆中有適當的空氣，有利好氣微生物的繁殖和活動，促進有機物分解。高溫堆肥時更應注意堆積松緊適度，以利通氣。
　　3、保持中性或微堿性環境。可適量加入石灰或石灰性土壤，中和調節酸度，促進微生物繁殖和活動。
　　4、碳氮比。微生物對有機質正常分解作用的碳氮比為25∶1。而豆科綠肥碳氮比為15-25∶1、雜草為25-45∶1、禾本科作物莖稈為60-100∶1。因此根據堆肥材料的種類，加入適量的含氮較高的物質，以降低碳氮比值，促進微生物活動。部分基地通過購買雞糞、豬糞等進行自制有機肥，而牲畜、家禽糞便不能直接使用，必須發酵腐熟后才能安全使用。未腐熟有機肥帶有一定的病原菌、病毒、線蟲、根螨、雜草種子等，導致植物田間病害多發、雜草叢生；同時未腐熟的有機肥在分解的過程中產生有害氣體，易引起燒根、土壤缺水等危害。
三、堆制材料 　　主要由主料、輔料、發酵劑或生石灰組成。主料為牛、羊、豬、兔糞便，約占80%；輔料為各種作物秸稈、菌渣、枯枝落葉、鋸末等，約占20%；其他：發酵劑（有條件的可以購買，不用也可以）
四、堆制時期 　　在春、夏、秋季期間，室外溫度保持在20℃以上進行堆制。
五、場地選擇
　　選擇向陽、地勢稍高、有利排水、方便運輸的開闊地。
六、堆制方法
　　工序依次為將主料、輔料等混合、調制水分（水分控制在60%左右）、建堆（寬2米、高1米，長度不限）、封堆（堆內每個1-2米插通氣孔或者小把玉米秸稈，為微生物提供氧氣的通道，用塑料布封蓋）、翻堆（當堆內溫度達到60℃時，翻堆，并補充水分）。
七、腐熟度檢查
　　有機肥一定要保證充分腐熟。腐熟完成的標準：1、堆溫降至40℃以下，且保持不變。2、堆肥濕度35%以下，無原料臭味，稍有氨味。3、腐熟的堆肥為黑褐色，汁液呈淡棕色或無色。4、堆內產生白色菌絲。
八、注意事項 1、有機肥應與水溶肥配合施用。
　　有機肥分解慢，肥效遲，所以施肥時一定要注意配施水溶肥，做到相互補充，合理搭配。
2、有機肥要充分腐熟。
　　大部分有機肥常帶有病菌、蟲卵和雜草種子，因此在堆漚發酵后的有機肥中加入辛硫磷等殺蟲、殺菌劑后再施用。而沒有經過腐熟的糞便直接施入土壤，則可出現燒種燒苗的現象；同時有機肥含有大量蟲卵、病菌，不腐熟會對作物造成嚴重傷害。